Osmanlı Devleti’nin en meşhur sadrazamlarından olan Merzifonlu Kara Mustafa Paşa bürokraside edinmiş olduğu gücü, Osmanlı topraklarında da birçok yere inşa ettirmiş olduğu vakıf eserlerle meşrulaştırmaya başarmıştır. İdamı üzerine (25 Aralık 1683) Paşa’nın bütün mal varlığına devlet tarafından müsadere uygulandı. Kara Mustafa Paşa’nın Vakıflar Genel Müdürlüğü Arşivi’nde yer alan H.23 Safer 1089/M.16 Nisan 1678 tarihli vakfiyesine göre; Amasya/ Merzifon, Kayseri/İncesu, Çorum, İstanbul ve Kamaniçe’de vakıf eserleri bulunmaktadır. Paşa’nın Halep, İzmir, Mudanya ve Cidde’de yer alan vakıflarının, bu vakfiyede yer almamış olması, buralarda yer alan hayratın M.1678 tarihinden sonra inşa edildiklerini göstermektedir.

 XVII. yüzyıl, Anadolu’da eşkıyalık hareketlerinin yoğun olarak yaşandığı bir dönemdir. Celâlî İsyanlarının en şiddetli bir şekilde hissedildiği i İç Anadolu Bölgesi’ndeki yerlerden birisi de, İncesu’dur. Önemli bir yol güzergâhında bulunan İncesu beldesine Merzifonlu Kara Mustafa Paşa tarafından geniş programlı bir menzil inşa ettirilmiştir. Külliyenin inşası ile belde canlanmış ve önemli bir merkez haline gelmiştir. Osmanlı Devleti Celâli İsyanları sonrası merkezi otoritenin zayıfladığı, kervan yolları ve halkın güvenliğinin sağlanamadığı bu dönemde, ticareti canlandırmak, terk edilen yerleri tekrar iskana açmak için “menzil külliyeleri” denen yapıların yapılmasına hız verilmiş, halk vergi ve benzeri yükümlülüklerden muaf tutularak ekonomik ve sosyal ayrıcalık tanınmıştır.

Menzil külliyelerinde ticari işlevli kervansaray ön plana çıkmıştır. İncesu’daki Merzifonlu Kara Mustafa Paşa külliyesi, geniş kapsamlı ve çok işlevsel plan şemasıyla XVII. yüzyılın üçüncü çeyreğinde yapılan büyük bir yapı topluluğudur. Bir yerleşim yeri ve ticari merkez oluşturmak için külliyeye gelen insanların çeşitli ihtiyaçlarına cevap verecek şekilde programlanmıştır. Külliye; kervansaray, arasta (çarşılarda aynı ürünü satan dükkanların bulunduğu bölüm), cami, medrese, sıbyan mektebi, dükkanlar ve hamamdan oluşması, arastanın iki avlu arasında birleştirici bir unsur olarak kullanılması gibi temel özellikleriyle XVI.–XVII. yüzyıllarda inşa edilen bazı menzil külliyeleriyle benzerlik göstermektedir. Ancak Anadolu’da hiçbir menzil külliyesinde karşılaşılmayan “külliyenin doğu cephesinin tamamen bir sur gibi tahkim edilmiş olmasıyla” diğer menzil külliyelerinden ayrılmaktadır.

Külliyenin inşasında yöreye has kırmızıya yakın renkte kesme taş kullanıldığı gibi, cami, hamam, kervansaray ve medresenin dershane hücresinin örtülerinde de kaplama malzemesi olarak kesme taş kullanılmıştır. Yine külliyeyi ayrıcalıklı kılan bir başka özellik, Anadolu’ya özgü olmayan kaburgalı haç tonozun yer yer kullanılmış olmasıdır. Külliyenin tüm yapılarında süsleme sade tutulmuştur. İncesu Deresi yanında az engebeli bir alanda, İncesu şehir merkezinde yer alan bu külliye H.1081/M.1670 tarihinde inşa edilmiştir. Külliyeyi oluşturan mahkeme binası, bezirhane, tabakhane, iki göz boyahane, hazire, beş çeşme, çok sayıda meşruta evi (lojman, vakıf görevlilerinin oturduğu ev) ve ambar günümüze ulaşamamıştır. Külliyenin mimarı belli değildir.

Külliyenin ana yapısını, kervansaray teşkil eder. Yapı topluluğunundoğu cephesini tamamen kaplayan kervansaray, revaklı açık avlulubölüm ile kapalı bölümlerden oluşur. Yapının revaklı avlusuna, doğu ve batı cephelerinin ortasına yakın yerlere açılan basık kemerli kapılardan girilir.Külliyenin arastası, caminin avlu duvarı ile kervansaray arasında düz bir çizgi haline yerleştirilmiş olup, külliyenin ana eksenini belirlemektedir. 11,5 m genişliğindeki sokağın her iki tarafına yerleştirilen sıra dükkânlardan oluşan batı kanadını oluşturan dükkanların arkaduvarlarında moloz, diğer bölümlerin tamamında ise kesme taş kullanılmıştır. Vakfiyede bahsedilen 32 dükkandan 31’i günümüze ulaşmış,fırın ise kısmen yıkılmıştır.

Kalıntılara ve çevre sakinlerinin anlattıklarına göre arastanın güney cephesinde bir kapının olduğu anlaşılmaktadır. Arastanın kuzey cephesi açıktır. Arastanın doğu cephesinin yaklaşık ortalarına gelecek şekilde açılan kapı ile kervansarayın revaklı avlusu ile de cami avlusuyla irtibatı sağlanmıştır. Arastanın doğu cephesi hemen hemen orijinalliğini muhafaza etmektedir. Külliyenin batısında geniş avlunun merkezinde, kubbeli bir hamam ile kuzey yönde yer alan üç bölümlü son cemaat mahallinden oluşan bir cami bulunur. Tek şerefeli minare, hamamın kuzeybatı köşesinde yükselir.